注：これは艦これ二次創作的な何かのために何となく思いついた俺設定を書き散らすエントリです。

・深海棲艦とは
米国のあるマッドサイエンティストが作り出した金属生命体。先天的な病気で娘を亡くしたあるマッドサイエンティストが娘をケイ素生命体としてよみがえらせる実験の途中で発生。実験はハワイで密かに行われたが、最終段階で制御を失い研究室の培養槽を破壊し逃げ出してしまう。暴走した生命体は、アリゾナ記念館に逃げ込み、沈没したアリゾナの一部を取り込んで世界初の深海棲艦第となる。その後、逃げた被検体を破壊しようと追ってきた研究所職員に報復し、研究所を壊滅させる。この事故により、深海棲艦に関するデータは永久に失われる。
深海棲艦および艦娘が人間の女性の姿をしているのは、マッドサイエンティストの娘がベースとなって生まれた存在であるためである。

・米国戦力の壊滅
その後、深海棲艦は仲間を増やすため太平洋上を巡航する船をおそい始める。深海棲艦は現代の海軍艦船に比べると体は小さく射程も短いが、従来のレーダーでの検知がきわめて難しく、攻撃力は軍艦のそれに匹敵する。米海軍は大規模な艦隊を派遣して深海棲艦の駆逐を試みるも、有効な戦果を上げられずいたずらに戦力を消耗する結果に。
また、深海棲艦に沈没させられた舟は深海棲艦の餌となり、深海棲艦がより増殖してしまうことが判明。それに気づいた頃には、世界に平和な海は存在しない状況にまで陥っていた。

・日本での対応
島国である日本は比較的初期に深海棲艦の脅威にさらされ、地政学上海路の封鎖は致命的な事態を招くことから真っ先に非常事態を宣言。
当初は米国同様海上自衛隊を派遣するが、有効な打撃を与えることができず手詰まりに陥る。そんな中、運良く破壊できた深海棲艦の破片を持ち帰り研究していたチームが、深海棲艦がケイ素生命体の一種であることを解明し、iPS細胞の技術を応用して深海棲艦の細胞を未分化状態に戻したコア細胞(開発資材と呼ばれるもの)を作成することに成功する。

・艦娘の誕生
開発資材を培養した被検体を研究し、深海棲艦の弱点を探ろうという試みが行われるが上手くいかず研究は難航。そんな中、培養した深海棲艦に人間を親としてインプリンティングさせることで人間に味方させることが可能であることが判明。艦娘の原型となる。ちなみに、最初に生まれた艦娘が大淀で、大本営に直接所属する唯一の艦娘として提督への指令伝達業務を受け持っている。
その後、艦娘を深海棲艦に対抗できる戦力として艦娘を「養殖」する方向で研究が行われ、現在の艦娘が誕生する。

・艦娘の運用について
性質上、艦娘はインプリンティングされた親にほぼ絶対の服従を示す。このため、艦娘を戦力として運用するためには、艦娘の親となった人間を彼女らと居住させ、戦うときは親が直接指示を与える必要がある。また、直接指示を与える必要があることから、ひとりの人間に大量にインプリンティングを行っても大規模な組織化が難しいという難点があった。
さらに、一個人に強力な兵器でもある艦娘運用の裁量を任せると、クーデターなどを起こす可能性があるという懸念が浮上。自衛隊、警察、海上保安庁などの各組織の足の引っ張り合いの結果、提督はそれぞれの組織の人間からは選ばず、退役後は年金暮らしを保証するかわりに国家組織、企業にも属さないことを誓約することを条件に集めた一般公募の志願者から選定されることとなる。

・鎮守府について
艦娘を運用するための設備で、提督は艦娘とともに生活することを前提として設計されている。インプリンティングのため、艦娘の建造設備は必ず提督自身が起動する必要がある。他の人間にインプリンティングされてしまう事故を防ぐため、運用の人員も最低限、深海棲艦の艦載機をベースに建造された簡易生命体(妖精さん)や、戦闘力を持たない艦娘(間宮、伊良湖など)がスタッフとして働いている。
鎮守府が提督を中心とした一種のハーレムのようになるのはこのインプリンティングのためである。

・提督について
提督に与えられた権限は艦娘の運用に必要な最低限の権限のみとなる。全体的な作戦立案は上層部で行われるため、上からのミッションを受け取って艦娘に指令を下すだけが提督に求められる業務となる。
ただ、インプリンティングシステムの問題から、鎮守府内には必要最低限の人員しか配置されないため、上層部との予算の折衝、各種報告書の提出など事務作業も行う必要がある。
提督のモチベーションを高めるため、戦果を多く上げれば階級が上がるようになってはいるが、これらはあくまで提督の中での順位を示すものであるため、自衛隊のの階級ではなく、旧帝国海軍の階級になぞらえた階級を授与される。提督全体で見た順位に応じて決定される階級であるため、昇格、降格が比較的頻繁に発生する。

・ドロップについて
艦娘の兵器(砲弾、魚雷など)は、深海棲艦にたいしてiPS細胞で言うところのリプログラミング作用を持つ物質が添加されている。攻撃命中時に運良く深海棲艦のコア細胞が露出しそこにリプログラミング促進物質が作用すると、深海棲艦に分化する前の状態に戻ることがある。この細胞を持ち帰り、鎮守府の工房で再生処理とインプリンティングを行った艦娘がドロップ艦である。
開完全な未分化状態には戻るわけではないため、どの艦娘になるかは元になった深海棲艦に応じて変わる。建造できない艦娘が生まれるのも、深海棲艦発生プロセスにしかない要素が影響しているものと考えられる。なお、ドロップ艦のデータを時間をかけて解析することで、それまで建造が不可能だった艦娘が建造できるようになることもある。